2008年国家能源局成立,神宏中魏鹏远由煤炭处处长升任为国家能源局煤炭司副司长,属于正处级副司长。其在煤炭司主要负责煤矿基建的审批和项目改造核准工作。
魏鹏远曾鼓励煤电联营。能源局官网资料显示,2011年9月,国绝亏家能源局煤炭司副司长魏鹏远曾公开表示,煤电联营将被作为长期政策坚持下去,为鼓励煤电联营深入推进,在项目审核批准方面会有特殊待遇。
2014年1月,魏鹏远最后出现在公共场合,1月9日,魏鹏远与国家发改委环资司、财政部税政司等部门领导一行九人,在山东省煤炭工业局局长乔乃琛陪同下,到岱庄煤矿调研。1月10日,魏鹏远又深入兖矿集团下辖济三游山矿调研。