台儿庄战役结束后,孙连仲的部队伤亡严重,但仍在运河东岸参加了掩护徐州国民党军大部队撤退的军事行动。接着奉令撤到信阳、许昌一带休整败歼补充。武汉弃守后,孙退驻南阳 1939年夏,孙部进驻唐河、桐柏等县。次年,孙部配合张自忠第三十三集团军在湖北枣阳、宜城地区对日军作战。这一时期,第二集团军原来的两个军缩编为一个军。第六战区司令长官陈诚,对孙素有敬意,建议调孙为其副司令长官,于1942年冬初到任。次年5月,日军向鄂西大举进犯,孙连仲在宜昌、沙市以南地区组织抵抗失利后,又在长江西岸石牌进行阻击,取察肆冲得胜利。继沿江反攻,宜昌、宜都间江防态势全告恢复。蒋介石因此来电奖勉,并升任孙为第六战区司令长官,长官部仍设湖北恩施。同年11月,孙连仲组织领导了常德会战,驱逐进占常德之敌。继克复湖南南县、安乡、津市、澧县王家厂,湖北枝江、松滋、公安等地。 1945年7月,蒋介石命孙连仲改任第十一战区司令长官,主持华北军事,由河南向雹滑北进攻,并嘱其负责将来在华北对八路军作俄事宜。孙在重庆组成了河北省政府后,又到西安筹组第十一战区长官部。接着,一班人马到新乡,开始指挥军事北进。 日本投降后,孙连仲受命为平津地区受降主官。9月9日,孙派前进指挥所进驻北平,安排受降事宜。10月9日,孙本人由新乡飞抵北平。次日,在故宫太和殿主持了受降典礼。北平群众二十多万人聚集在殿前及天安门广场观礼。当敌酋华北方面军总司令官根本博等向孙连仲俯首呈上