Simone自闭症是一种先天性的广泛性神经发育障碍，确切病因在医学界尚无定论，主流科学暂时只能给出“自闭症是以遗传基因和环境因素共同作用的结果”这样较为笼统的解释。并基于此，提出了一些关于影响自闭症发病的高危假说，比如：
（一）遗传因素
家族遗传史：即家族成员的 “共患率”。研究显示，如果家族成员有精神类疾病病史或是自闭症人士，孩子出生后患有自闭症的概率会增加。与普通人群相比，如果头胎自闭症，二胎患病率会明显高于普通人群；同卵双胞胎的自闭症同病率可能高达90%以上，而异卵双生子的同病率则会跌到百分之20~30%左右，跟普通兄弟姐妹之间的同病率接近。从这一组数字当中也可以看到，遗传因素占据的主导作用。
基因突变：基因在遗传过程中发生变异可能导致自闭症的发病率增加，但由于与自闭症相关的基因数量较多，目前还无法精确定位到底是某一个或几个基因的突变，以及具体的变异方式。
（二）环境因素
孕期感染：母亲孕期发生病毒或寄生虫感雀肆染、孕期缺少叶酸和维生素D、孕期抽烟、酒精中顷兆轿毒等，孩子患上自闭症的几率也会增加。
孕期中的其它高危因素：父母生育年龄过大，超过35周岁，母亲罹患慢性高血压、妊娠前及妊娠期超重、先兆子痫、妊娠期使用抗抑郁药等。
围产期损伤：因怀孕期间窘迫性流产等造成婴儿大脑发育不全，早产、难产、新生儿脑部受伤，以及在婴儿期患上脑炎、脑膜炎等疾病造成脑部伤害，增加自闭症的患病风险。
其它因素：免疫系统缺陷，怀孕期子宫感染和孕期并发症、接触化学物质、环境污染猜皮、产期和产后健康状况不良等，导致人体神经系统受损，影响幼儿神经系统发育,增加幼儿患病风险。
需要注意的是，以上列举都属于影响自闭症患病的高危风险因素，并不是导致自闭症的直接原因，只能为孕期保健提供意见参考。其中虽然提到了遗传基因的重要性，但目前也无法通过基因筛查或其它有效手段来对自闭症进行预防和治疗。
在目前的自闭症研究中，还无法或很少用造成自闭症的原因来解释自闭症儿童发病率的增加，自闭症儿童数量增多更直接的原因在于：第一，随着自闭症科普知识的普及，普通大众提高了对自闭症的认识，可以做到早期发现；第二，自闭症诊断标准的更新扩大了自闭症谱系障碍的诊断范围，有越来越多自闭症儿童得以被诊断；第三，自闭症诊断技术的提高，专业的医疗人员准确将孩子的发育问题定位到自闭症。
