首先要搞清楚什么是动员预付款,动员预付款其实一般就是开工预付款,合同上有详细的说明,个人理解,这个款项一般都是用于工地前期的主要人员和设备到位、材料进场、完善驻地建设之类的花费,一般支付合同价的10%。开工之后,根据工程的实际进度,会根据合同进行工程计量,合同清单上面100章有详细的清单细目,这里面就有包含前面动员预付款做的那些工程,比如说承包人驻地建设、临时工程之类的。这时候通过计量,会根据实际发生的对前面进行的那些工程计算出准确的金额,业主会支付计量金额(施工方一期的计量金额并不是业主要支付的金额,里面还有涉及到扣下和返还的质量保证金、民工工资),这样一来,就是说施工方对同一个工程拿了两次钱,而合同上早就有规定,当计量达到多少合同金额的时候会扣回动员预付款,这样做不会出现对前期工程没有计量或者多次计量的发生,保证双方的利益。建议你详细阅读施工合同,上面对于这些问题有详细的说明,你也可以询问有经验的前辈。