Simone银河共和国陷入动大埋荡，数千个星系表达了他们想脱离共和国的意向。人数不多的绝地武士团已难以维持共和国的和平与秩序。这场分离主义运动的领导人是神秘的杜库伯爵。杜库是前绝地大师，脱离绝地武士团后，成为“失落的二十人”之一。
前纳布星球女王帕德梅·阿米达拉议员准备去银河议会参加建军法案的投票，但刚抵达科洛桑星球，她的星际飞船就发生了爆炸，差点置其于死地。接着，扮弯阿纳金·天行者和欧比旺·克诺比又挫败了第二起针对她的暗杀事件。为了阿米达拉的安全着想，天行者护送她返回纳布，两人坠入爱河。而克诺比则根据杀手留下滚缺蚂的蛛丝马迹来到卡米诺星系。在那里，他发现克隆专家——表面上根据与共和国的合同——在最近十年内培育了一支军队，其基因模板来自赏金猎人詹戈·费特。
把这一惊人发现报告绝地委员会后，克诺比尾随费特至吉奥诺西斯星系。在吉奥诺西斯星球的巢穴工厂里，他获悉真相：费特接受了为杜库效力的合同，吉奥诺西斯人生产了数以百万计的战斗机器人，杜库说服各企业出资人签字成为独立星系邦联的正式成员。克诺比把情况报告共和国后，被杜库的机器人俘虏。
由于预见到母亲的痛苦，天行者回到塔图因星球。可是，他没能阻止塔斯肯袭击者将其母亲折磨致死。他和阿米达拉前往吉奥诺西斯援助克诺比，却不幸被俘。克诺比、天行者和阿米达拉被判处死刑。吉奥诺西斯人把他们押入行刑角斗场，让野兽的尖牙利爪来处决他们。
共和国增援部队使这一切转危为安。绝地大师梅斯·温杜率领两百余名绝地对抗杜库的军队，他本人在战场上将费特斩首。绝地大师尤达很快从卡米诺带来二十多万名克隆人士兵。这支仓促组建的共和国军队经受住了吉奥诺西斯战役的战火考验。克隆人战争由此爆发，绝地以军官的身份加入共和国武装力量，指挥克隆人军队。
阿纳金和帕德梅在纳布秘密结婚。
